Они находятся в корне диска, только теперь имеют статус "скрытых". Если это флешка (тогда файлы остались на ней).
PS. Когда-то столкнулся с такой ситуацией, но заметил, что размер флехи почти не изменился по этому и начал искать скрытые файлы. Результаты восстановления, показали примерно 10 битых файлов из 200. Всё делал вручную, через Тотал команд., и стало интересно нет ли прожки для этих действий.
Попал на эту статью и утилиту.
[spoiler=описание действий][url=http://woodrex.top/rainbow/to.php?url=http://www.radikal.ru][img]http://woodrex.top/rainbow/to.php?url=http://s52.radikal.ru/i137/1106/da/7efbf03eac17.jpg[/img][/url][/spoiler]
[url=http://woodrex.top/rainbow/to.php?url=http://depositfiles.com/files/18osfgdzc]Забрать утилитку chkparser32[/url]
[url=http://woodrex.top/rainbow/to.php?url=http://www.radikal.ru][img]http://woodrex.top/rainbow/to.php?url=http://i071.radikal.ru/1106/73/c8ca5a9f4e10.jpg[/img][/url]